目前除治疗性漱口水外，很多“消”字号漱口水其实也属于药类，由于申报药类比较难，所以转而申报了“消”字号。正常人如果长期使用这种药物性漱口水不但对健康没有任何帮助，而且还可能造成口腔内正常菌群失调，增加患口腔疾病的风险，也有可能引起过敏反应。

 儿童慎用，特别是6岁以下尚不能控制吞咽动作的幼儿，以免误吞。

  漱口不能代替刷牙：漱口虽然能去除口腔内部分的食物残渣和软垢，但远没有刷牙清洁的彻底。刷牙过程中牙刷的物理摩擦可以帮助去除牙齿表面的牙菌斑，漱口水则无法做到这一点。尽管有广告称，漱口水含有抑制牙菌斑形成的成分，可在口腔内长时间发挥作用。但也有学者认为，口腔内不停分泌的唾液可以把漱口水中抑制牙菌斑的成分不断稀释，且漱口水在口腔内停留的时间有限，所以，期望漱口水能对口腔健康有太大帮助是不现实的，更不能代替刷牙。

  有研究发现长期使用漱口水，可能会加重心脏病的风险。而且部分漱口水中含有的酒精成分，长期使用会促进口腔癌症的发生。此外长期使用漱口水可能会加速口腔内已有的树脂修复材料的老化。

  口腔手术后，使用漱口水能够有效的减少感染。有特殊需要的人士，例如容易患蛀牙或患有严重蛀牙的人士、戴矫齿器或接受过放射治疗的人士，才需要在牙科医生指导下使用含氟化物漱口水，以加强对牙齿的保护，防止蛀牙。